Cuối năm 2015, Yamaha đã công bố lệnh triệu hồi với dòng xe YZF-R1 và bản giới hạn 500 chiếc R1M, nguyên nhân khi đó được hãng mô tô đến từ Nhật Bản giải thích rằng "cả bánh răng thứ hai và bánh răng nhỏ chủ động trong hộp số có thể bị vỡ gây ra sức ép cực lớn dẫn đến sự chuyển số không thích hợp. Các bánh răng thứ ba và thứ tư cũng có thể bị biến dạng hoặc vỡ, hộp số có thể bị khóa, khiến xe bị mất kiểm soát và có thể dẫn tới tai nạn gây thương tích hoặc chết người".

Cũng chính vì thế mà các phiên bản YZF-R1 và bản giới hạn 500 chiếc R1M ở đời 2016 đã được thay mới hộp số, đây là sự điều chỉnh kịp thời của hãng mô tô Yamaha. Trong đó, đáng chú ý là phiên bản Yamaha YZF-R1M đời 2016 đã cập bến thị trường Việt Nam.

Theo giới thạo tin, năm 2015 đã có khoảng 5 chiếc R1M bản giới hạn được đưa về nước thông qua các nhà nhập khẩu tư nhân, tuy nhiên, không ai biết những chiếc siêu mô tô đó có phải thuộc diện triệu hồi để thay hộp số mới hay không. Như vậy, tính đến nay, thị trường Việt Nam đã có 6 chiếc Yamaha YZF-R1M trên tổng số 500 chiếc được sản xuất trên toàn thế giới.

Yamaha YZF-R1M là phiên bản sản xuất giới hạn của chiếc R1 thế hệ mới và được xem như đối thủ trực tiếp của Kawasaki H2.

Siêu mô tô hàng hiếm được trang bị nhiều đồ chơi cao cấp như thân vỏ cùng một số chi tiết dàn áo được làm từ sợi Carbon.

Hệ thống treo điện tử xe đua (ERS) và phuộc của Ohlins, Bộ chỉnh liên lạc (CCU) với tính năng định vị vệ tinh GPS.

Nhiều trang bị công nghệ trên R1 cũng xuất hiện trên phiên bản đặc biệt như hệ thống kiểm soát độ ổn định của bánh xe giúp xe không bị trượt bánh khi vào cua gấp, kiểm soát lực kéo, hệ thống Quick Shift giúp người lái có thể sang số nhanh mà không cần sử dụng đến côn tay, PDM cung cấp 4 thiết lập từ đó giúp người lái chọn ra chế độ vận hành tối ưu nhất.

Công nghệ Slide Control System trên chiếc M1 trong đường đua Moto GP cũng được áp dụng cho R1M, hệ thống này sẽ can thiệp vào động cơ nhằm kiềm hãm công suất giúp người lái tránh được các tình trạng văng trượt khi tăng tốc ở các khúc cua.

Hệ thống đo lường 6 chiều IMU giúp xe nhận biết đang hoạt động trên phố hay đang chạy trong trường đua, hệ thống này còn kết hợp với chức năng Lift Control System, giúp xe tránh được tình trạng bốc đầu bánh trước khi đang tăng tốc bằng cách can thiệp vào công suất động cơ.

R1M 2016 sử dụng chung động cơ với R1, "trái tim" là loại Crossplane 4 xy-lanh thẳng hàng, DOHC, làm mát bằng dung dịch, dung tích 998 phân khối, sản sinh công suất tối đa 200 mã lực tại 13.500 vòng/phút và mô-men xoắn cực đại 112,4 Nm tại 11.500 vòng/phút.

Khối động cơ kết hợp cùng hộp số 6 cấp hoàn toàn mới.

Hệ thống ống xả bằng titan, dung tích bình xăng 17 lít.

R1M có cặp đèn pha ban ngày dạng LED với thiết kế bắt mắt, cụm đèn hậu cũng sử dụng đèn LED, màn hình hiển thị tốc độ trên R1M là loại TFT.

Tại thị trường nước ngoài Yamaha R1M có giá 21.990 USD, mức giá tại thị trường Thái Lan là 36.500 USD, còn tại Việt Nam R1M đời 2016 có giá bán tham khảo 830 triệu Đồng, giao hải quan.